“CosmoMC安装”下有6个评论：

1. 第一部分：安装主程序

   一、准备

   1.fortran编译器

   我们有两个选择：

   • Intel Fortran
   • gfortran

   这里我用的是gfortran，但是听说gfortran跑的速度比ifortran慢。

   2. gcc，Open MPI等

   在安装过程中，我发现电脑还缺了一些包，这里一起安装上去：
   sudo apt install gcc gfortran libopenmpi-dev cmake zlib1g zlib1g-dev

   二、安装主程序

   下载CosmoMC
   git clone --recursive https://github.com/cmbant/CosmoMC.git
编译（也可等第二部分安装完之后一起make，测试）
   cd CosmoMC
make
测试
   mpirun -np 10 ./cosmomc test.ini

   第二部分：安装Planck likelihood code 和 baseline data files

   （这部分比第一部分难很多，可能出现各种各样的问题。）

   一、下载Planck的代码和数据

   打开Planck Legacy Archive (esa.int)，选择Likelihood，找到COM_Likelihood_Code-v3.0_R3.10.tar.gz 和 COM_Likelihood_Data-baseline_R3.00.tar.gz ，它们分别是Planck的代码和数据，下载解压。

   二、安装前的检查

   进入COM_Likelihood_Code-v3.0_R3.10，测试安装依赖
   cd plc-3.1
./waf configure --install_all_deps
把提示缺失的python包安装上
   pip install astropy pyfits
提示中还写到，尝试安装cfistio，安装失败。
   下面手动安装cfistio：到FITSIO Home Page (nasa.gov)下载 cfitsio_latest.tar.gz
   cd cfitsio
./configure --prefix=/home/用户名/software/cfitsio-4.1
make
make install
把路径告诉Planck代码
   cd plc-3.1
./waf configure --cfitsio_lib=/home/用户名/software/cfitsio-4.1/lib --cfitsio_include=/home/用户名/software/cfitsio-4.1/include

   三、安装Planck的代码

   再次检查./waf configure –install_all_deps ，没什么问题就可以安装Planck代码了
   ./waf install
运行./bin/clik_profile.sh 【注1】
   source ./bin/clik_profile.sh
打开~/.zshrc (对于bash，则应打开.bashrc)
   vim ~/.zshrc
在最后加上（假设Planck代码和CosmoMC分别放在 /home/用户名/plc-3.1/ 和 /home/用户名/CosmoMC/）
   source /home/用户名/plc-3.1/bin/clik_profile.sh
export PYTHONPATH=/home/用户名/CosmoMC/python:$PYTHONPATH
运行 ~/.zshrc
   source ~/.zshrc
可以用下面代码测试是否加到环境变量里了
   echo $PATH
echo $LD_LIBRARY_PATH
可以这样测试Planck代码是否安装成功（具体见参考资料3）
   cd CosmoMC./clik_example_C plik_rd12_HM_v22b_TTTEEE.clik/
(如果报错 zsh: permission denied: ./clik_example_C ，给权限即可：chmod +x ./clik_example_C）

   四、连接Planck数据

   假设你将Planck数据和CosmoMC分别放在 /home/用户名/baseline/plc_3.0/ 和 /home/用户/CosmoMC/
   cd CosmoMC
ln -s /home/用户名/baseline/plc_3.0 /home/用户名/CosmoMC/data/clik_14.0
在安装Planck代码之前，我们已经把CosmoMC make了一遍。安装Planck代码之后，我们需要再单独make camspec【注2】（或者在第一部分中不执行make，安装planck代码后再make）
   make camspec

   五、运行

   最后，让CosmoMC运行planck数据
   mpirun -np 4 ./cosmomc test_planck.ini


   安装结束

   在CosmoMC生成链以后，我们可以用python的GetDist来分析数据（如得到所有参数中获取均值、方差、限制等）和作图，参见https://astr.ac.cn/physics/1987/

   ---

   注1：如果你是zsh而不是bash则会报错
   addvar:1: bad substitution
这是zsh和bash语法有一些差别导致。具体原因参见bash – Sourcing a .sh file under zsh : addvar:1: bad substitution error message – Stack Overflow
   打开./bin/clik_profile.sh文件，把第二行local tmp="${!1}" ;修改为local tmp=${(P)1} ;
运行./bin/clik_profile.sh
   source ./bin/clik_profile.sh

   注2：如果在安装完Planck代码和数据之后直接mpirun -np 4 ./cosmomc test_planck.ini，将报错

   compile with CLIK to use clik – see Makefile

   MpiStop: 0

   ————————————————————————–

   MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD

   with errorcode 128.

   NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.

   You may or may not see output from other processes, depending on

   exactly when Open MPI kills them.

   ————————————————————————–

   查看Makefile，发现这一行和clik有关

   camspec: ./source/*.*90 ./camb/fortran/*.*90cd ./source && make highL=../highL PLANCKLIKE=cliklike_CamSpec

   所以 make camspec

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2. 请问一下，cosmomc默认是lambda cdm 模型，若我考虑一个新的宇宙学模型并且得到了一个新的弗里德曼方程，该要如何利用cosmomc去限制我模型中的参数呢？换句话说，如何修改cosmomc的模型呢？

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   1. 在camb里改w，新的参数要在几个文件里加入

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3. git clone –recursive https://github.com/cmbant/CosmoMC.git 自定义文件名

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4. 一 samples的读取：
   1.从链文件夹里读取：
   import getdist
   sample1 = getdist.loadMCSamples(r’./plikHM_TTTEEE_lowl_lowE/base_plikHM_TTTEEE_lowl_lowE’, settings={‘ignore_rows’:0.3})

   2. 从h5文件读取：
   import emcee
   from getdist import MCSamples
   import numpy as np
   from getdist import MCSamples
   h5_file= emcee.backends.HDFBackend(‘xxx.h5’, read_only=True)
   tau = Combind.get_autocorr_time()
   burnin = int(2 * np.max(tau))
   thin = int(0.5 * np.min(tau))
   Combind = h5_file.get_chain(discard=burnin, flat=True, thin=thin)
   Combind=np.array([Combind[:,0],Combind[:,1]).T
   names= [‘H0’, ‘omegam’]
   labels= tuple([‘H_0′, r’$\Omega_{\rm m}h^2$’])
   sample2= MCSamples(samples=Combind,names=names,labels=labels)

   3.从数组中读取：
   from getdist import MCSamples
   import numpy as np
   samps = np.array([xx,xx,xx,…,xx],[xx,xx,xx,…,xx])
   names= [‘H0’, ‘omegam’]
   labels= tuple([‘H_0′, r’$\Omega_{\rm m}h^2$’])
   sample3 = MCSamples(samples=samps,names = names, labels = labels)

   二 用getdist画图：
   from getdist import plots
   g = plots.get_single_plotter()
   g.plot_2d([sample1,sample2,sample3], [‘H0’, ‘omegam’])

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5. https://wiki.cosmos.esa.int/planck-legacy-archive/index.php/Cosmological_Parameters

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